Asia SEEDは、日本とインドネシアの科学技術交流を目的とする団体「日本インドネシア科学技術フォーラム（JIF）」を前身として、1984年にその活動を開始しています。

日本インドネシア科学技術フォーラム（JIF）は、非営利の会議体（フォーラム）として設立され、日本・インドネシアの両国を代表する有識者によって構成されるフォーラム運営委員会を、毎年１回両国間で交互に開催しました。運営委員会で様々な問題を討議し、科学、文化、教育などの様々な分野の専門家の交流、とりわけ、インドネシア政府の派遣により日本の大学に留学する多数の学生の受入を行ってきました。

しかし、その後、日本への留学生の受入をはじめとする途上国の人材育成に係わる活動は、インドネシアだけでなく、マレーシア、タイをはじめとする東南アジア全体に拡大してきました。また、内容的にも現地での予備教育やツイニング・プログラムによる大学教育の実施、途上国の大学や研究所などとの人的・物的強化改善事業など、総合的な高等人材育成プロジェクトへと発展し、当初考えられていたフォーラムの枠を超えてその活動が大きく膨らんでいきました。

そこで、日本インドネシア科学技術フォーラム（JIF）の活動のうち、人材育成に係わる活動については、JIFの活動を引き継ぐ形で、アジア全域をカバーする組織としてAsia SEEDを設立することにしました。そして、1999年11月5日には、東京都より特定非営利活動促進法（NPO法）に基づく特定非営利活動法人（NPO法人）「アジア科学教育経済発展機構」（Asia SEED）として認証を受け、現在に至っています。